В конце 1991 г. в результате образования на территории СССР 15 государств произошло соответствующее разделение его ж.-д. сети, предприятий и организаций, обеспечивающих работу ж.-д. транспорта, по границам новых государств. В каждом государстве в основном на базе существовавших органов управления ж.-д. транспортом или его подразделениями (железная дорога, отделение железной дороги) были образованы национальные органы управления железными дорогами.
Созданная в стране за длительный исторический период крупнейшая ж.-д. система мира с протяженностью ж. д. около 150 тыс. км с высоким уровнем технической оснащенности, управления, организации и технологии перевозочного процесса, несмотря на ее разделение и недостаточное затем выделение средств на обновление материально-технической базы, является основой бесперебойного обеспечения грузовых и пассажирских перевозок. Большое значение имеет реализация принятых по предложениям ж.-д. администраций межгосударственных решений по сохранению технологического единства ж.-д. транспорта, организации совместной эксплуатации парков грузовых вагонов и контейнеров, координации работы железных дорог. Железнодорожный транспорт занимает ведущее место в транспортном комплексе государств участников СНГ, обеспечивая основной объем перевозок грузов и значительную часть перевозок пассажиров.
В 2002 г. грузооборот ж. д. государств участников СНГ, Латвии, Литвы, Эстонии составил 1947,5 млрд. ткм, или 57,9% к уровню железных дорог СССР в 1991 г., а пассажирооборот соответственно – 234,2 млрд. пасс.-км, или 61,2%.
Наибольшее падение перевозочной работы отмечалось в 1998 г., после чего в ряде государств начали несколько увеличиваться объемы перевозок. Резкое падение перевозочной работы произошло вследствие уменьшения производства промышленной и сельскохозяйственной продукции, разрушения единого народно-хозяйственного комплекса и нарушения внешнеэкономических связей.
В условиях рыночной экономики на ж. д. осуществляются мероприятия по повышению эффективности работы, перестройке механизмов управления и функционирования, ведется выработка согласованных принципов деятельности на межгосударственном уровне.