Первые участки эксплуатируются с 1924 г.: Луговая-Пишпек (150 км), затем с 1931 г. Пишпек-Кант (25 км); в 1942 г. сдан участок Кант-Быстровка (70 км), с 1939 г. открыто движение поездов в направлении от ст. Быстровка до ст. Рыбачье (77 км). Дорога входила в состав Джамбульского отделения. В 1948 г. организовано 6-е Пишпекское отделение Туркестано-Сибирской железной дороги. С созданием в 1958 г. Казахской железной дороги отделение переименовано в 10-е Фрунзенское отделение, затем в 1977 г., после образования Алма-Атинской железной дороги, – в 3-е Фрунзенское отделение (с переименованием г. Фрунзе – в 3-е Бишкекское отделение).
С 28 окт. 1992 г. Указом Президента Республики Киргизия, на базе Бишкекского отделения Алма-Атинской железной дороги, была образована Киргизская железная дорога, куда вошли участки Среднеазиатской (Узбекской) железной дороги, расположенные на юге республики: Пост 38 км-Кызылкия, Шамалдысай-Ташкумыр, Карасу-Ош, Карасу-Джалал-Абад, Кок-Янгак.
Техническая оснащенность дороги: верхнее строение пути однопутное, ширина колеи 1520 мм. Подвижной состав составляют грузовые вагоны (2352 ед.), пассажирские вагоны (422 ед.); движение на тепловозной тяге. Линии оборудованы автоблокировкой и полуавтоматической блокировкой.
Основные показатели работы в 2000 г.: отправлено пассажиров 538811 чел.; вес грузового поезда 1861 тыс. т, техническая скорость 46,1 км/ч, участковая скорость 39,7 км/ч.
Подготовка кадров по различным специальностям железнодорожного транспорта осуществляется в Киргизском государственном университете строительства, транспорта и архитектуры (факультет «Строительство путей сообщения»), работает технический лицей железнодорожников.
