Эксплуатационная длина дороги (01.01.2001 г.) шириной колеи 1520 мм 626 км, 1435 мм – 104 км, в т.ч. электрифицировано 95 км. В состав дороги входят 3 железнодорожных узла: Калининград, Черняховск и Советск; 45 линейных станций: 2 локомотивных и 1 вагонное грузовое депо; Дирекция по обслуживанию пассажиров, дистанции пути; электроснабжения; сигнализации и связи; гражданских зданий и сооружений; механизированных погрузочно-разгрузочных работ; путевая механизированная дистанция по ремонту пути. С 1955 г. при управлении работает дорожный центр фирменного транспортного обслуживания. В 1997 г. создан дорожный информационно-вычислительный центр; осваиваются спутниковые каналы связи. Дорога имеет пограничные ж.-д. переходы: с Литовской железной дорогой на ст. Советск и Кибартай, с Польскими железными дорогами на ст. Мамоново, Багратионовск и Железнодорожный. Железная дорога располагает контейнерными терминалами на ст. Калининград, Черняховск и на подъездном пути морского торгового порта. Дорога осуществляет подачу вагонов колеи 1520 мм на пограничную ст. Бранево в Польской Республике. В грузовом терминале на ст. Черняховск производится погрузка, выгрузка и перегрузка с колеи 1435 мм на колею 1520 мм (и обратно) широкой номенклатуры грузов, в т. ч. крупнотоннажных. На ст. Дзержинская Новая действует пункт перестановки колесных пар с колеи 1520 мм на колею 1435 мм (и обратно); фронт одновременной перестановки – 4 вагона, производительность при круглосуточной работе 20-24 вагона в сутки.
На участке Калининград-Москва для скоростной перевозки грузов, отправляемых из портов в крупнотоннажных контейнерах, формируются специальные составы. Время в пути до Москвы составляет для поездов с контейнерами 48 ч, для скорых поездов – 22 ч. С 1933 г. по колее 1435 мм осуществляется движение пассажирских поездов между Польшей и Россией на линии Калининград-Гдыня. Пассажирские перевозки осуществляются фирменным поездом «Янтарь». На дороге внедрены тепловозная и электровозная тяга; электрифицирован участок направления на Взморье. Электрической централизацией оборудованы 35 станций; дорога оснащена автоматической и полуавтоматической блокировкой.
Созданный ж.-д. комплекс полностью обеспечивает нужды региона в грузовых и пассажирских перевозках. За 2000 г. выгружено более 120 тыс. вагонов, погружено ок. 35 тыс. т грузов. Средний вес грузовых поездов составил 2538 т; перевезено ок. 9 млн. пассажиров, в т. ч. на пригородных направлениях ок. 8 млн. Техническая скорость поездов составила 43 км/ч, участковая – 38 км/ч.
Калининградская дорога расположена в Трансъевропейской сети, на международном уровне работает согласовано с коридором Север—Юг № 9 и коридором Восток—Запад № 1. Дорога – один из основных путей в Восточную Европу; обслуживает самый западный российский незамерзающий порт с прямым выходом на европейскую колею 1435 мм. В связи с этими обстоятельствами и географическим положением области, включающей особую экономическую зону «Янтарь», важным направлением является развитие конкурентоспособного и надежного транспорта и сопутствующих услуг, мощностей для удовлетворения потребностей жителей региона и пассажиров, а также привлечение экономически выгодных транспортных потоков через область.