Контейнерные перевозки обеспечивают наибольшую эффективность при использовании различных видов транспорта и доставке грузов от склада отправителя до склада получателя. Наиболее распространенной схемой перевозок является прямое железнодорожное сообщение с участием автомобильного транспорта для завоза грузов на станцию и вывоза их грузополучателю. Осуществляются также перевозки грузов в контейнерах с подъездного пути отправителя на подъездной путь получателя или с использованием автотранспорта в пункте отправления или в пункте назначения, а также в смешанном железнодорожно-водном сообщении (с морским или речным транспортом). Международные контейнерные перевозки осуществляются в железнодорожно-морском, прямом железнодорожном и в прямом автомобильном сообщениях. Выбор рациональной транспортно-технологической схемы производится на основе технико-экономической оценки вариантов доставки грузов в контейнерах.
Основным органом управления контейнерными перевозками в системе МПС (с кон. 1990-х гг.) являлся Центр фирменного транспортного обслуживания (ЦФТО), на ж. д. были организованы самостоятельные контейнерные отделы. Техническое состояние контейнерного парка контролировал Департамент грузовой и коммерческой работы МПС.
В сферу управления контейнерными перевозками входит решение следующих задач: планирование контейнерных перевозок, техническое нормирование работы контейнерного парка, разработка и использование планов формирования вагонов с контейнерами, оперативное управление.
Планирование контейнерных перевозок осуществляется по так называемой системе непрерывного планирования, которая основана на формировании месячных заявок от грузоотправителей, долговременных договорах с крупными грузоотправителями, внеплановых заявках на отправление грузов в контейнерах. На основе собранных заявок составляются планы перевозок: внутридорожные, междорожные, а также в сообщениях с Литвой, Латвией, Эстонией, странами СНГ и другими, в железнодорожно-водном сообщении.
Планы перевозок являются исходной информационной базой для расчета технических норм работы контейнерного парка. Нормируются следующие основные показатели по дорогам и сети в целом: суммарная погрузка контейнеров, выгрузка груженых контейнеров, так называемые регулировочные разрывы (разница между приемом и сдачей контейнеров по междорожным, межгосударственным, международным пунктам перехода и пунктам перехода с водным транспортом), рабочий парк, оборот контейнера, наличие рабочего парка на контейнерных пунктах.
План формирования вагонов с контейнерами служит для рационального формирования контейнеропотоков на конкретных направлениях и определяет состав комплектов контейнеров, обеспечивающих ускорение оборота в результате сокращения времени их простоя под накоплением, уменьшения числа их сортировок в пути следования. Основным принципом при разработке планов формирования является сопоставление затрат на накопление контейнеров и затрат на сортировку в пути следования. Расчет производится для двух вариантов организации контейнеропотоков. Общим для обоих вариантов является организация прямых назначений между станциями погрузки и выгрузки. Отличие состоит в организации потоков, не выделившихся в прямые назначения с мест погрузки. В первом варианте такие потоки контейнеров направляются на выходную станцию сортировки дороги отправления лишь в случае, если они не выделяются в перегрузочные назначения на входную станцию выгрузки. Во втором варианте на выходную станцию сортировки дороги отправления направляются все потоки, не выделившиеся в прямые назначения с мест погрузки. Планы формирования разрабатываются отдельно для крупнотоннажных и среднетоннажных контейнеров. Существуют внутридорожные, сетевой планы формирования, а с 1997 г. – межгосударственный план формирования вагонов с контейнерами в сообщениях со странами СНГ, Литвой, Латвией и Эстонией.
На направлениях с устойчивыми контейнеропотоками вводятся в обращение специализированные контейнерные поезда, состоящие из вагонов (специализированных контейнерных или универсальных), загруженных только контейнерами (обычно 40-50 вагонов). Контейнерный поезд обращается по «жесткому» графику. Применение контейнерных поездов позволяет снизить сроки доставки грузов, увеличить работу контейнеров и вагонов за счет сокращения их оборота. Целесообразность выделения контейнерного поезда определяется сопоставлением приведённых расходов на перевозку вагонов с контейнерами в обычных грузовых поездах до станции назначения с затратами на формирование и продвижение контейнерного поезда. При расчетах учитываются расходные ставки на топливо, содержание пути и сооружений, парков вагонов, локомотивов, контейнеров и т.п., а также варианты организации поездов (количество вагонов и контейнеров, дальность перевозок, частота движения и др.).
В задачи оперативного управления контейнерными перевозками входит контроль за выполнением плана погрузки грузов в контейнеры, технических норм и планов формирования вагонов с контейнерами, регулирование потоков порожних контейнеров, контроль за возвратом контейнеров, оперативное взаимодействие с иностранными железными дорогами, с другими видами транспорта. Качество оперативного управления во многом зависит от оперативности и достоверности информации о состоянии контейнерного парка и текущей работы по организации контейнерных перевозок.